Am 7. Dezember 1989 wird der erste Häftling aus Bautzen II zur Entlassung nach Ost-Berlin gebracht. Bis zum 22. Dezember 1989 sind schließlich alle politischen Häftlinge in Freiheit. Danach befinden sich noch 23 Gefangene in Bautzen II, von denen sechs kriminelle Schwerverbrecher sind. Die Delikte der übrigen Häftlinge waren ebenfalls politisch motiviert, ihre Verurteilungen wurden jedoch aufgrund von dafür begangenen kriminellen Straftaten nicht als unrechtmäßig beurteilt.
Die Geschichte von Bautzen II als “Sonderstrafvollzugsanstalt” des Ministeriums für Staatssicherheit (MfS) geht im Dezember 1989 zu Ende. Nach der Wiedervereinigung Deutschlands am 3. Oktober 1990 übernimmt das sächsische Justizministerium das Gefängnis. Überprüfungen des Personals finden allerdings erst 1991 nach Verabschiedung des Stasi-Unterlagen-Gesetzes statt. Dabei werden sechs Bedienstete aufgrund ihrer nachgewiesenen Tätigkeit für die Stasi sowie mangelnder Qualifikation entlassen. Zudem erstatten viele der ehemaligen Häftlinge Anzeige gegen einzelne Personen des Wachpersonals. Jedoch nur in einem Fall wird ein früherer Stationsleiter verurteilt. Anfang 1992 wird Bautzen II endgültig geschlossen und die noch verbliebenen Häftlinge in die Justizvollzugsanstalt Bautzen I verlegt. Seit 1994 befindet sich am historischen Ort der früheren Stasi-Haftanstalt die Gedenkstätte Bautzen.